Родился в Армавире 12 января 1968 года в семье служащих. В 1984 году окончил среднюю школу, после окончания которой поступил в Армавирский государственный педагогический институт на индустриально-педагогический факультет. В 1986—1988 годах служил в армии. В 1991 году окончил институт. В 2003 году окончил юридический факультет Адыгейского государственного университета. Защитил кандидатскую диссертацию по теме «Системный маркетинговый инструментарий на российском сегменте рынка тренерских спортивно-оздоровительных услуг». Индивидуальный предприниматель, президент производственно-торгового объединения «Бакар», директор ООО «Олимп-2000». С детства увлекался спортом: спортивной гимнастикой, баскетболом, самбо и дзюдо. Его тренером был Рудольф Мкртичевич Бабоян. В 17 лет стал мастером спорта. Является многократным чемпионом и призёром чемпионатов СССР и России по самбо и дзюдо, чемпионом Европы и мира. С 1997 года является тренером Армавирской краевой СДЮШОР по борьбе самбо и дзюдо. В Армавире с 2004 года проводятся ежегодные международные турниры на призы А. Ю. Маркарьяна. 24 февраля 2005 года Ашоту Маркарьяну присвоено звание «Почётный гражданин Армавира». Женат. Трое детей.